作者:李亚,王玉明,王丹,贺勇
【摘要】 目的:探讨汉族人群腺苷三磷酸结合盒转运体A1(ABCA1)基因单核苷酸多态性(SNP)与血浆载脂蛋白A1(apoA1)水平的关系. 方法 :选取ABCA1基因R219K, V825I, M883I和R1587K等4个编码区SNPs,采用PCR限制性片断长度多态性 分析 技术确定376名健康个体基因型;用THESIAS程序分析SNPs的连锁不平衡关系及单倍型. 结果:受检人群中,4种SNPs各自不同基因型个体间apoA1水平差异均未见统计学意义(P>0.05). R219K与M883I, V825I与M883I以及V825I与R1587K两两间存在连锁不平衡(P<0.01). 以V825I 和R1587K 构建的两位点单倍型中,IK单倍型携带者apoA1水平较VR单倍型携带者显著降低(P<0.05). 结论:ABCA1基因V825I和R1587K多态性与汉族人群血浆apoA1水平变化有关,但这种关联取决于该两个SNPs间形成的单倍型.
【关键词】 ABCA1基因;载脂蛋白A1;单倍体型;连锁不平衡
0引言
血浆高密度脂蛋白胆固醇(highdensity lipoprotEin cholesterol,HDLC)水平降低是冠心病的独立危险因素之一[1]. 腺苷三磷酸结合盒转运体A1(ATPbinding cassette transporter A1,ABCA1)介导胆固醇、磷脂从肝外组织的流出,并通过与载脂蛋白A1(apolipoprotEIn A1,apoA1)相互作用,在胆固醇逆向转运和高密度脂蛋白(highdensity lipoprotein,HDL)生成的起始阶段发挥着关键的作用,因此,ABCA1被认为是决定HDLC水平的主要因素之一[2]. 群体遗传学 研究 表明,ABCA1基因的某些单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)可改变ABCA1蛋白活性并由此引起HDLC水平变化,从而 影响 个体对冠心病的易感性[3-4]. 然而,有关ABCA1基因SNPs对血浆apoA1水平影响的研究报道却相对缺乏.为此我们在本研究中探讨了ABCA1基因4种SNPs及其构成的单倍型与汉族人群apoA1水平变化的关系.
1对象和方法
1.1对象来自四川大学华西 医院 和成都医学院第一附属医院无血缘关系的四川地区汉族体检个体376(男194,女182)例,年龄(58.4±8.6)岁,apoA1水平(1.324±0.186) g/L,体质量指数(24.62±3.39) kg/m2,总吸烟率为27%,并经询问病史、体检、心电图等检查排除心血管疾病史.
1.2方法
1.2.1标本采集与处理禁食12 h后抽取研究对象外周血5 mL,采用免疫比浊法并按试剂盒(上海荣盛生物技术公司)推荐条件测定血浆apoA1水平;另采集外周血3 mL,1 mL ACD抗凝,盐析法提取DNA,TE缓冲液溶解DNA并置于4 ℃冰箱中备用.
1.2.2多态位点的基因型分型采用PCR限制性片断长度多态性分析法对4个SNPs进行分型. 首先,参照基因组序列(GenBank登录号:NM005502)设计合成相应PCR引物,对受检者ABCA1基因R219K,V825I,M883I和R1587K等4个SNPs位点所包含的DNA序列进行扩增;再取扩增产物15 μL,分别加入4 U限制性内切酶和2 μL 酶切缓冲液,并加超纯水至总体积20 μL,37℃水浴中保温16 h;最后,消化产物经30 g/L琼脂糖凝胶电泳后,用凝胶成像系统分析电泳结果,判定个体基因型. PCR反应条件、限制性内切酶以及各基因型酶切情况见表1.表1ABCA1基因SNPs的基因型分型
统计学处理:每个SNP的HardyWeinberg平衡检验用χ2检验,在HWE软件上进行. 单个SNP位点基因型与apoA1水平的关系分析采用协方差分析(用SPSS10.0软件). SNPs间配对连锁不平衡估算以及各种单倍型与apoA1水平的关联分析均使用THESIAS程序进行. apoA1水平用x±s表示;除连锁不平衡检验用α=0.001为检验水准外,其余统计学分析均以P≤0.05为差异有统计学意义.
2结果
2.1等位基因和基因型的频率分布经χ2检验,4种SNPs各基因型频率在本研究人群中分布符合HardyWeinberg平衡(P>0.05),表明本研究样本具有群体代表性. 其中,变异型等位基因K219和I825的频率高于欧美人群(0.452 vs 0.27, 0.323 vs 0.056,P<0.01);而I883等位基因在欧美人群则为野生型等位基因[5] (表2). 表24种多态位点等位基因和基因型频率
2.24种SNPs不同基因型与apoA1水平的关系分析为准确地反映不同基因型对血浆apoA1水平的影响,我们采用了协方差分析,以排除各种混杂因素对研究结果的影响. 校正协变量(年龄、吸烟和体质量指数)后的结果显示,R219K, V825I, M883I和R1587K多态各自不同基因型个体间apoA1水平差异均无统计学意义(P>0.05, 表3). 表34种多态位点不同基因型个体间apoA1水平比较
2.3配对连锁不平衡分析ABCA1基因4个SNPs位点的配对连锁不平衡用统计量D′表示(D′=D/Dmax). 表4可见,在全部6个配对组合中,V825I分别与M883I和R1587K间存在较强的连锁不平衡(D′>0.7). 此外,在R219K和M883I间也检测到有统计学意义的连锁不平衡(D′=0.572). 值得注意的是,在R219K至R1587K位点约1.36 kb范围内,我们未发现2个以上的SNPs位点彼此间的连锁不平衡关系.